Azərbaycan Milli Xalça Muzeyinin Şuşa filialı 19 may 1987-ci il tarixindən Şuşa şəhərində, XVIII əsrin tarixi-memarlıq abidəsi sayılan Mehmandarovların malikanəsində fəaliyyətə başlayıb. Nazirıikdən SİA-ya verilən xəbərə görə, Qarabağ torpağı Ermənistan tərəfindən işğala məruz qaldığı üçün filialdakı daşınması mümkün olan eksponatlar təxliyyə olunaraq Bakıya gətirilib.
Həmin vaxtdan etibarən xilas olunmuş eksponatlar Azərbaycan Milli Xalça Muzeyinin ekspozisiyasında nümayiş etdirilir və muzeyin fondunda qorunub saxlanılır.