1990-cı ilin bu günündə Ali Sovetin sessiyasında Azərbaycanda Prezident vəzifəsi təsis edilib. Sessiyada Azərbaycan prezidenti seçilib. Sov. İKP MK-nın baş katibi Mixail Qorbaçovun SSRİ prezidenti seçilməsindən sonra müttəfiq respublikaların rəhbərləri də eynilə hərəkəti təkrarlamağa başlamışdılar.
1991-ci il oktyabrın 18-də Azərbaycan dövlət müstəqilliyini elan etməsi ilə suveren respublikaın ilk prezidenti də Ayaz Mütəllibov olur. 1992-ci il mayın 14-də Azərbaycan Ali Sovetinin növbədənkənar sessiyasında iki ay öncə istefa vermiş A.Mütəllibov hakimiyyətə qayıdıb. Xocalı hadisələrini araşdıran deputat komissiyası onun günahkar olmadığını elan etdikdən sonra parlament 6 mart 1992-ci il tarixli qərarını ləğv edərək Mütəllibovun prezident vəzifəsinə qaytarılması barədə qərar qəbul edir. Lakin çək-çevirə məruz qalmış prezidentlik dönəmi ikicə gün çəkir. Azərbaycanda baş vermiş hakimiyyət çevrilişi parlament müstəvisində rəsmiləşir. Ali Sovet 1992-ci ilin mayın 16-da mayın 14-də çıxardığı qərarını ləğv edir. İki gün sonra isə Ali Sovetin sədri və prezident səlahiyyətlərinin icraçısı Yaqub Məmmədov da istefa verir. Bu vəzifə o zaman Xalq Cəbhəsi sədrinin müavini olmuş İsa Qəmbərə keçir. Beləcə prezidentli ölkənin əlavə 20 gün də davam edən prezidentsiz günləri başlayır.
1992-ci il iyunun 7-də Azərbaycanda ilk dəfə olaraq prezident seçki yolu ilə müəyənləşir. Azərbaycan Xalq Cəbhəsinin sədri Əbülfəz Elçibəy (Əbülfəz Əliyev) ölkənin ikinci prezidenti adını qazanır. Ə.Elçibəy 1 il hakimiyyətdə qalır. 1993-cü ilin iyununda hakimiyyətdən gedir. Həmin ayın 15-də Naxçıvandan Bakıya gələn ümummilli lider Heydər Əliyev Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçilir, iyulun 24-də isə Azərbaycan Respublikası Milli Məclisnin qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini icra etməyə başlayır.
1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilir. Bununla da prezidentlik institutunun da təşəkkül dövrü başlayır. Onun dünyanın başqa ölkələrindəki kimi siması müəyyənləşir. Heydər Əliyev 1998-ci ildə ikinci dəfə dövlət başçısı seçilir.
2003-cü ilin oktyabrın 15-də baş tutan seçki nəticəsində Azərbaycan Respublikasının prezidenti vəzifəsinə Ulu Öndər Heydər Əliyevin layiqli davamçısı İlham Əliyev seçilir. Ölkənin 4-cü prezidenti olan İlham Əliyev 2008-ci il seçkisində də qələbə qazanır və ikinci müddətə dövlət başçısı kimi fəaliyyətə başlayır.